El ecosistema de las islas Medes ha merecido el calificativo de la mejor reserva del Mediterráneo occidental. Las distintas profundidades permiten todo tipo de inmersiones. En las zonas de poca profundidad encontramos una densa cobertura de algas bien iluminadas y más de un centenar de especies de colores vivos; por debajo de los 10-15 metros, algas bien adaptadas a la falta de luz, grandes bloques de rocas y la compañía de corales, estrellas, gorgonias, pulpos y langostas.
Por debajo de los 20 metros entramos en la oscuridad habitada por corales y auténticos bosques en miniatura de colores vivos donde conviven más de 600 especies animales. Las diferentes profundidades permiten todo tipo de inmersiones para profesionales y también para los que por primera vez se inician en el buceo. Para cada una de ellas, el espectáculo de vida y color está garantizado.
Numerosas cuevas y túneles indican que este archipiélago, de roca calcárea, perteneció al macizo del Montgrí hace más de diez mil años. Hoy las cuevas ofrecen sorprendentes inmersiones a los submarinistas expertos, tanto en las Medes como en la costa: cueva de la Vaca, de la Sardina, Dofí Nord, túnel de la Pedrosa, etc.
Cerca de las islas está el Reggio Messina, un barco hundido en 1991 para utilizar como pecio, la mayor embarcación de la Costa Brava visitable para buceadores. Delante de la cala Montgó naufragó en 1971 el barco Avenire, conocido como el Marmoler, que guarda cargamento de mármol en las bodegas. Es la única embarcación de la costa que se conserva entera.