L’ecosistema de les Illes Medes ha merescut la classificació de millor reserva natural de la Mediterrània occidental.
Les diferents profunditats permeten tot tipus d’immersions. A les zones de poca fondària trobem una densa cobertura d’algues ben il·luminades i més d’un centenar d’espècies de colors vius; per sota dels 10-15 metres, algues ben adaptades a la manca de llum, grans blocs de roques i la companyia de coralls, estrelles, gorgònies, pops i llagostes.
Més enllà dels 20 m entrem en la foscor habitada per coralls i autèntics boscos en miniatura de colors vius on conviuen més de 600 espècies animals. Les diferents profunditats permeten tot tipus d’immersions per a professionals i també per als que per primera vegada s’inicien en el busseig. Per a cadascuna d’elles, l’espectacle de vida i color és garantit.
Nombroses coves i túnels indiquen que aquest arxipèlag, de roca calcària, va pertànyer al massís del Montgrí més de deu mil anys enrere. Avui les coves ofereixen sorprenents immersions als submarinistes experts, tant a les Medes com a la costa del Montgrí: cova de la Vaca, de la Sardina, Dofí Nord i el túnel de la Pedrosa, entre altres.
Prop de les illes trobem el Reggio Messina, un vaixell enfonsat expressament el 1991, la major embarcació de la Costa Brava visitable pels bussejadors. Davant la cala Montgó va enfonsar-se el 1971 el vaixell Avenire, conegut com el Marmoler, que guarda el carregament de marbre a les bodegues. És l’única embarcació de la costa que es conserva sencera.